L’edificio fu costruito nel XIII secolo in una posizione che domina Morcote e trasformato profondamente nel 1462, assumendo l’attuale aspetto rinascimentale. Nel 1578,con l’aggiunta nella sua parte meridionale di un coro, l’asse della basilica fu rovesciato. Nel 1729 le opere furono completate, ma nel tardo XIX secolo l’edificio fu restaurato, e in parte rinnovato, su un progetto forse affidato a Gaspare Fossati. Nel XX secolo gli interventi di restauro furono molteplici: il primo ebbe luogo nel 1936, il secondo fra il 1948 e il 1949, sotto il coordinamento di Cino Chiesa, e il terzo, più lungo dei precedenti e affidato a Guido Borella, fra il 1967 e il 1980.
